· 

Blog 1 MSCNN ‘Hoe ontstaat MS?’

Figuur 1. Spatial transcriptomics uitgelegd met behulp van een spelletje zeeslag.
Figuur 1. Spatial transcriptomics uitgelegd met behulp van een spelletje zeeslag.

 

Hallo allemaal,

Hierbij de eerste blog over wat ik nu eigenlijk aan het doen met het onderzoek wat mede mogelijk is gemaakt door Grunn MoveS.

 

Wie ben ik?

Mijn naam is Marion Wijering en ik ben 24 jaar. Ik kom uit Enschede en ben voor mijn Bachelor verhuisd naar het zuiden om hier Biomedische Wetenschappen te gaan studeren aan de Universiteit van Maastricht. Drie jaren later met het eerste diploma op zak beviel Maastricht me nog steeds erg goed en ben ik hier ook mijn Master gaan doen in Cognitieve en Klinische Neurowetenschappen. In het 2e jaar van de Master heb ik een 8 maanden lange stage gedaan en hiervoor ben ik naar Japan gegaan. Waarom Japan? Tja, het trok me altijd al. De cultuur in Azië wilde ik graag een keer van dichtbij zien, maar veel landen in Azië zijn ook nog niet zo goed ontwikkeld. Echter, Japan loopt met veel dingen voor en na veel e-mails kon ik terecht bij Kyushu University in Fukuoka (Japan) om hier onderzoek te doen naar medicijnen voor MS. Dit onderzoek was zo interessant dat ik hierdoor heb besloten dat ik graag zou willen doorgaan met onderzoek naar MS. Verder wilde ik graag onderzoek doen dat gebonden is aan de MS-stichting zelf, om zo dichtbij de patiënt te blijven. Helaas heeft Maastricht hier geen directe connectie mee en doet het ook geen onderzoek naar MS dus een verhuizing was noodzakelijk. Na een aantal vacatures te bekijken, sprak het project in Groningen me het meeste aan en na een lange sollicitatieprocedure was ik erg blij en opgelucht met het telefoontje dat ik was aangenomen en mocht beginnen hier in Groningen.

 

Nog even een korte omschrijving van de projecten

In dit project, waar Jody, Wendy en ik (Marion) samen aan werken, gaan we onderzoeken wat er anders is in de hersenen van een MS persoon in vergelijking met een gezond controle persoon. Hierbij gaan we kijken of er in MS veranderingen zijn in het tot uiting komen van bepaalde genen, of en hoe de omgeving van de cellen is veranderd en hoe de cellen en bijbehorende eiwitten zelf zijn veranderd ten opzichte van een gezond controle persoon.

 

Het eerste onderzoek

Op 2 februari j.l. was het dan zover, de eerste werkdag! Deze bestond uit een eerste vergadering, handen schudden en papieren doornemen. Inmiddels zijn we alweer 3 maanden bezig, de eerste maanden zijn omgevlogen! De eerste overuren zijn al gemaakt, maar de sfeer is goed en we hebben erg leuke en aardige collega’s die altijd bereid zijn ons te helpen. Dus wat heb ik zoal gedaan deze eerste maanden?

De eerste halve maand was vooral inlezen en protocollen zoeken en optimaliseren. Hier word je natuurlijk na een lange dag wel gaar van, maar gelukkig waren er de koffiepauzes om ons even nieuwe concentratie en cafeïne te geven en ook om iedereen goed te leren kennen in deze eerste weken.

En toen begon het eerste onderzoek! In deze weken ben ik erg druk geweest met het voorbereiden van Spatial Transcriptomics. Een moeilijke naam, wat is het nu eigenlijk?

Eerst wat achtergrond informatie. In al onze cellen zit DNA, ons erfelijke materiaal. Op dit DNA ligt informatie en elk pakket informatie heet een gen. Een cel kan een gen gebruiken: “tot expressie brengen” en daarmee bepaalde functies uitoefenen. Door te bepalen welke genen een cel gebruikt, of “tot expressie brengt”, kunnen we de (veranderde) functies van cellen in kaart brengen.

Terug naar Spatial Transcriptomics. Misschien dat jullie zeeslag (een spelletje) kennen. We hebben een raster A-J en 1-10 (zie figuur 1). Hier leggen we een dun plakje hersenweefsel overheen. Elk plekje in het raster heeft zijn eigen coördinaten. De genen die in dit stukje weefsel in B3 (bv MS laesie) tot expressie komen, krijgen nu een B3 label. Van dit weefsel op het raster maken we een foto. Nu verwijderen we het weefsel van het raster en stoppen we alle gen expressie producten in een buisje. Deze vloeistof in het buisje bevat de gen informatie. Maar alles zit nu door elkaar! Gelukkig waren alle genen nog gelabeld met coördinaten van hun oorspronkelijke locatie, zo weten we waar ze vandaan kwamen. Door middel van de gemaakte foto en het label aan de genen kunnen wij zien uit welk stukje en wat voor een soort weefsel (bv witte stof, grijze stof of een MS laesie) deze genen kwamen. Door dit te doen met MS hersenweefsel maar ook met gezond hersenweefsel kunnen wij deze gen expressie met elkaar vergelijken. Deze resultaten helpen ons om duidelijker in kaart te brengen wat MS nu eigenlijk veroorzaakt en dragen bij aan nieuwe kennis om MS tegen te gaan. Raak en gezonken!

 

Deze week zijn we begonnen met het eerste experiment. Dit experiment loopt nog en is nog niet helemaal af omdat één experiment ongeveer 7 dagen duurt en dan zijn we pas op het punt dat alle genen in een buisje zitten aangekomen. Gelukkig hebben we de feestdagen voor de deur en kunnen we aankomende week weer fris en uitgerust hieraan beginnen. Ik ben benieuwd naar de resultaten!  Deze zal ik bespreken in mijn volgende blog.

 

Marion

 

 

Reactie schrijven

Commentaren: 0